В определенной мере АИН является правопреемницей Академии наук СССР в области прикладных наук, ориентированных на развитие промышленности, сельского хозяйства и оборону страны. АИН осуществляет свою деятельность почти на всей территории России от Калининграда до Владивостока и имеет в своем составе 10 межрегиональных отделений: Центральное, Северо-Западное, Санкт-Петербургское, Сибирское, Уральское, Дальневосточное, Верхне-Волжское, Поволжское, Волго-Вятское, Северо-Кавказское и Западное, более 50 региональных отделений в ведуших субъектах Российской Федерации, 17 научных отделений.
По ведущим научным направлениям Академия имеет в своем составе следующие
Научные отделения