В определенной мере АИН является правопреемницей Академии наук СССР в области прикладных наук, ориентированных на развитие промышленности, сельского хозяйства и оборону страны. АИН осуществляет свою деятельность почти на всей территории России от Калининграда до Владивостока и имеет в своем составе 10 межрегиональных отделений, более 50 региональных отделений в ведуших субъектах Российской Федерации, 17 научных отделений, 40 Территориальных научных центров (ТНЦ).
Межрегиональные отделения АИН
Центральное — Москва
Белгородский ТНЦ
Воронежский ТНЦ
Казанский ТНЦ
Калужский ТНЦ
Нижневартовский ТНЦ
Обнинский ТНЦ
Тамбовский ТНЦ
Тульский ТНЦ
Тюменский ТНЦ
Шиханский ТНЦ
Северо-Западное — Санкт-Петербург
Северный ТНЦ
Сибирское — Новосибирск
Алтайский ТНЦ
Байкальский ТНЦ
Кемеровский ТНЦ
Кузбасский ТНЦ
Новосибирский ТНЦ
Омский ТНЦ
Томский ТНЦ
Уральское — Екатеринбург
Ижевский ТНЦ
Курганский ТНЦ
Магнитогорский ТНЦ
Оренбургский ТНЦ
Пермский ТНЦ
Северо-Уральский ТНЦ
Челябинский ТНЦ
Дальневосточное — Владивосток
Амурский ТНЦ
Курило-Камчатский ТНЦ
Хабаровский ТНЦ
Верхне-Волжское — Владимир
Владимирский ТНЦ
Ивановский ТНЦ
Костромской ТНЦ
Ярославский ТНЦ
Поволжское — Волгоград
Волго-Вятское — Нижний Новгород
Марийский ТНЦ
Нижегородский ТНЦ
Северо-Кавказское — Таганрог
Кабардино-Балкарский ТНЦ
Кубанский ТНЦ
Ростовский-на-Дону ТНЦ
Таганрогский ТНЦ
Западное — Великий Новгород
Новгородское региональное отделение (НРО)
Псковский ТНЦ
Смоленский ТНЦ